پس از استقلال پاکستان، منطقه مسلمان نشین کشمیر همواره مورد مناقشه این کشور با هند بوده و منشا دو جنگ از سه جنگ میان این دو کشور بوده است.
در سال 1973 و پس از 13سال حاکمیت نظامیان بر پاکستان، ذوالفقار علی بوتو به قدرت رسید. و همزمان با انتخاب این سیاستمدار نظام سیاسی پاکستان به جمهوری فدرال تغییر پیدا کرد.
بوتو اما 4 سال بیشتر در مقام نخست وزیر پاکستان دوام نیاورد و توسط ژنرال ضیاءالحق سرنگون محاکمه و سپس به دار آویخته شد.ضیاءالحق مجددا اسلام را مبنای نظامی سیاسی پاکستان قرار داد.
این ژنرال پاکستانی در سال 1998 در سانحه هوایی کشته شد.پس از مرگ ضیاءالحق بی نظیر بوتو فرزند ذوالفقار علی بوتو به عنوان اولین نخست وزیر زن یک کشور اسلامی از سوی حزب مردم پاکستان(PPP) انتخاب شد. بی نظیر بوتو اما مدت زیادی در راس قدرت سیاسی دوام نیاورد و در اوت 1990 به اتهام سواستفاده از قدرت و فساد مالی از مقام نخست وزیری برکنار شد.
نواز شریف که در انتخابات همان سال از سوی حزب مسلم لیگ پاکستان به پیروزی رسیده بود، جانشین بی نظیر بوتو شد.نواز شریف نیز پس از سه سال به اتهاماتی مشابه با اتهامات بی نظیر بوتو از فدرت برکنار شد.
بی نظیر بوتو پس از پیروزی حزب مردم در اکتبر 1993 دوباره به مقام نخست وزیری انتخاب شد، اما در نوامبر 1996 از کار برکنار و در 15 آوریل 1999 در دادگاهی غیابی به 5 سال زندان محکوم شد.
نواز شریف اما پس از پیروزی حزب مسلم لیگ در انتخابات پاکستان در سال 1997 مجددا به نخست وزیری رسید. در این زمان نواز شریف به دلیل انتصاب قضات دیوان عالی پاکستان با قوه قضاییه این کشور وارد یک مناقشه سیاسی شد. در پی بروز مناقشه سیاسی میان نواز شریف و قوه قضاییه پاکستان سردار لغاری رییس جمهوری پاکستان از مقام خود استعفا داد و رفیق تارر این مقام را عهده دار شد.
در 12 اکتبر 1999 نواز شریف در پی کودتای نظامیان به فرماندهی ژنرال پرویز مشرف رییس ستاد مشترک ارتش پاکستان، از قدرت برکنار شد. نواز شریف در سال 2000 به حبس ابد محکوم شد و پرویز مشرف نیز در ژوئن سال 2001 خود را رییس جمهوری پاکستان نامید.
در ماه می 2002 و پس از برگزاری یک رفراندوم مشرف در مقام خود ابقاء شد.در پی این رفراندوم مشرف مجددا قانون اساسی سال 1973 مبتنی بر فدرالیسم را در پاکستان احیاء کرد.
با وقوع حوادث یازده سپتامبر در آمریکا پاکستان به یکی از متحدان آمریکا در آنچه به اصطلاح جنگ علیه تروریسم عنوان می‌شود بدل شد.اتحاد پاکستان با آمریکا اما ثبات را برای این کشور به همراه نیاورد و طی قریب به یک دهه 4 هزار نفر بر اثر خشونت‌ها در این کشور کشته شدند.
اما مشرف با برکنار کردن افتخار چودری رییس دیوان عالی پاکستان، بزرگترین بحران سیاسی را در طی دوران زمامداری‌اش پدید آورد.برکناری افتخار چودری موجی از ناآرامی‌ها را در پاکستان در پی آورد.
حمله نظامیان پاکستان به مسجد سرخ یا مسجد لعل در اسلام آباد از جمله دیگر بحران‌هایی است که در زمان زمامداری مشرف به وقوع پیوست، بحران مسجد لعل با مداخله ارتش پاکستان و کشته شدن 103 نفر خاتمه یافت.
از جمله موارد دیگری که زمامداری مشرف را تحت‌الشعاع قرار داده است، مساله در اختیار داشتن همزمان مقام فرماندهی ارتش و ریاست جمهوری پاکستان توسط وی است. مشرف در آستانه برگزاری انتخابات ریاست جمهوری پاکستان مقام خود در ارتش را به یکی دیگر از ژنرال‌های ارتش این کشور تفویض کرد.
